平和な町・青空町の忍者屋敷に住む青空小学校4年1組の霧隠虎太郎は400年以上続く霧隠流忍者の跡取り息子で、今日も修行を抜け出して遊びに行こうと父親の藤兵衛と親子喧嘩に発展。ところが、爆弾を投げた藤兵衛が誤って全宇宙の支配を目論む大魔界の暗黒魔王ゴクアークが封印された大岩を壊してしまう。蘇ったゴクアークは人間界を大魔界に変えようとするが、地球を守る光の戦士エルドランが身を挺してゴクアークを再封印する。しかし、ゴクアークは封印される一瞬の隙を見て闇の魔導士・ヤミノリウスIII世を人間界に遣わした。
学校帰りに偶然巨大ロボット・ガンバルガーを見つけた虎太郎と友達の風祭鷹介、流崎力哉の三人はエルドランの願いにより、ガンバースーツで超能力を身に着けたスーパーヒーロー・「ミラクル忍者・ガンバーチーム」となり、否応なしにヤミノリウスが大魔界から召喚する魔界の生物・魔界獣と戦うことになるが、ヤミノリウスに「誰かに正体がバレると犬になる呪い」をかけられてしまった。
かくして虎太郎たちは、呪いで犬になってしまった藤兵衛（ゴン）を協力者に、小学生と秘密のヒーローの二重生活を送る羽目になったのである。
近所のブタネコに奪われていた霧隠家のご先祖様が大魔界の秘密を記したという巻物には、ゴクアークの兄弟である二大魔王の封印を解く方法が書き残してあった。そしてブタネコとヤミノリウスも交えた巻物争奪戦の末、ついに三大魔王であるゴクアーク、レツアーク、サイアークが蘇ってしまい…？
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