位于南洋腹地的一个无名小岛，隐藏着一个科技发达的实验室。实验室中，一个未知的生命正在孕育。此前不久，疯狂的科学家们在某个远古遗迹提取到了最强宝可梦梦幻的基因，随后利用现代科技，提供基因提升改造，人工创造了无可匹敌的宝可梦——超梦。超梦诞生之初，对自己的命运倍感困惑，旋即暴走。但是一个心怀叵测的男人出现，用花言巧语哄骗了超梦，使其和自己联手操控世界。然而无论打败多少对手，超梦仍然充满困惑，不知自己是谁，为何拼命战斗，又为何降生于世。
当他的困扰达到顶点之际，超梦再度暴走，回到了当初诞生的小岛，心中充满了无限的憎恨……
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